El tratamiento de las deformaciones que involucran el cráneo, que envuelve el cerebro, suelen ser tratadas por equipos de especialistas que incluyen neurocirujanos. El tratamiento de las deformaciónes del macizo facial, desde la raíz de la nariz hasta la mandíbula y labios incluyendo las orejas es realizado por los cirujanos de cabeza y cuello o plásticos entrenados en cirugía maxilofacial. También hay malformaciones de origen linfático y vascular.
Dentro de los distintos tratamientos de malformaciones congénitas y secuelas podemos encontrar: